Tyto úlohy jsou nejčastěji řešeny v souvislosti s likvidací nejrůznějších ekologických havárií nebo starých ekologických zátěží. Jedná se zpravidla o simulaci transportu rozpuštěné fáze nějaké organické (pohonné hmoty, rozpouštědla, oleje či rezidua pocházející z nejrůznější průmyslové výroby) či anorganické kontaminace (nejčastěji těžké kovy), která interaguje s prostředím kolektoru, čímž ovlivňuje nejen chemické složení vod, ale také dochází i ke změnám složení samotné kontaminace. Kontaminace se může sorbovat na jílové částice nebo organický materiál nebo také může být podrobena chemickému případně biologickému rozkladu za přispění bakterií, které jsou v kolektoru přítomny. Všechny tyto procesy jsou společně s advekcí a hydrodynamickou disperzí dostatečně dobře známy a popsány a tedy mohou být simulovány pomocí matematických modelů.
