Dalším okruhem řešených témat je pohyb kontaminace s omezenou rozpustností a rozdílnou objemovou hmotností oproti prosté podzemní vodě. Do této skupiny patří vedle tzv. NAPL (z anglického Non-Aqueous Phase Liquid) i těžké, silně koncertované solanky nejrůznějšího původu..
Tyto úlohy jsou nejčastěji řešeny v souvislosti s likvidací nejrůznějších ekologických havárií nebo starých ekologických zátěží. Jedná se zpravidla o simulaci transportu rozpuštěné fáze nějaké organické (pohonné hmoty, rozpouštědla, oleje či rezidua pocházející z nejrůznější průmyslové výroby) či anorganické kontaminace (nejčastěji těžké kovy), která interaguje s prostředím kolektoru, čímž ovlivňuje nejen chemické složení vod, ale
Hydraulické modely jsou sestavovány v rámci nejrůznějších typů úloh. Nejčastěji se jedná o modely řešící vodní bilanci nějakého území, ať už s ohledem na využitelnost dané oblasti pro zdroje pitné vody nebo pro účely stanovení předpokládaných čerpaných objemů potřebných k osušení prostoru povrchové i hlubinné těžby či ražby liniových děl. Do druhé jmenované skupiny úloh